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氢氧化钠能与细菌中的蛋白质和核酸反应，破坏细菌的正常代谢功能，使细菌死亡，因此具有强大的杀菌抗病毒作用。

由于氢氧化钠溶液具有很强的腐蚀性，对金属制品、纺织品、皮肤等都具有一定的腐蚀作用，因此在使用时需要配制成相应浓度的溶液，不能过浓或过稀。通常情况下将氢氧化钠成2%-4%的水溶液即可杀死繁殖型的细菌和病毒。

氢氧化钠消毒液可用于饲养场、畜舍、木质用具、运输禽畜车辆等进行消毒。消毒后需要以碳酸氢钠溶液进行中和后再进行清洗。